Het Levend Archief beheert de Nationale zadencollectie: een zadenbank die de genetische diversiteit van bedreigde, inheemse Nederlandse plantensoorten veiligstelt. Al meer dan 540 soorten zaden uit bijna duizend bronlocaties zijn verzameld, als back-up voor toekomstig natuurherstel. Samen met provincies en botanische tuinen zet de stichting zich in om verdwijnende flora te behouden voordat het te laat is. Zo fungeert het archief als een soort ark van Noach voor Nederlandse plantenzaden.